Так как уже не первый раз сталкиваюсь с этой проблемой, решил записать решение.

Симптомы: Есть незакомиченный файл, который мешает гиту. Файл называется .DS_Store. При этом его никак нельзя найти. Чтобы удалить этот файл нужно выполнить следующие команды:

find . -name .DS_Store -print0 | xargs -0 git rm --ignore-unmatch
git rm --cached .DS_Store
git add .
git commit -m "Remove .DS_Store from current directory"
⚠️
Команды необходимо выполнять из обычного родного терминала. Если выполнять из терминала Idea, то они не сработают.